Описание
24-капиллярный генетический анализатор Applied Biosystems 3500 сочетает в себе инструмент с реагентами, расходными материалами и программным обеспечением Applied Biosystems, а также ведущую в отрасли поддержку для обеспечения интегрированного решения HID-системы, которое значительно улучшает простоту и эффективность применения.
Точность
На основе одной из наиболее широко используемых и широко доверяемых методологий секвенирования - секвенирования Сэнгера - генетический анализатор серии 3500 разработан для обеспечения требуемой точности.
Он работает так как нужно вам
Созданный с учетом ваших потребностей, генетический анализатор серии 3500 предоставляет вам автоматизированные операции, простые в установке расходные материалы, электронное отслеживание производительности прибора и задач по обслуживанию, а также интегрированное программное обеспечение для анализа - так что вы можете сосредоточиться на полученных результатах.
Гибкость
Платформа 3500 может работать с широким спектром приложений секвенирования и анализа фрагментов, включая de novo секвенирование и повторное секвенирование (мутационное профилирование), микросателлитный анализ, валидацию или скрининг MLPA, AFLP, LOH и SNP.
Принцип работы
Секвенирование по Сэнгеру является одним из первых методов секвенирования ДНК (1977 г.) [Бородинов et al., 2020]. В классическом исполнении химическая реакция протекает в четырех отдельных пробирках, каждая из которых содержит матричную ДНК, праймеры, ДНК-полимеразу и четыре dNTP, а также один четырех дидезоксирибонуклеотидов (ddATP, ddGTP, ddCTP или ddTTP), содержащий радиоактивную метку. Встраиваясь в цепь ДНК он не позволяет ей удлиняться после себя, и реакция прекращается. Это приводит к образованию нитей ДНК разных размеров во всех четырёх реакциях. Реакционные смеси затем разгоняют в акриламидном геле (на разных дорожках). Радиоактивная метка указывает на фрагменты ДНК с ddNTP, включенным в определенное положении на цепи.
В 1986 году методы был усовершенствован внедрением флуоресцентных меток (4 краски) вместо радиоактивных, что позволило проводить реакции в одной пробирке. В начале 1990-х годов вместо плоского электрофореза стали использовать капилляры. Данные нововведения позволили упростить технологию, автоматизировать отдельные её этапы.
Основным недостатком технологии является её низкая пропускная способность и высокая стоимость за нуклеотид (около 2000 рублей за образец, до 1000 п. о./ прочтение). Кроме того, максимальная длина прочтения достигает 1000 п.о. Несмотря на новые разработки в области секвенирования, секвенирование по Сэнгеру по-прежнему считается "золотым стандартом" из-за его точности и длины чтения. При этом для массового использования в настоящий момент (при наличии других технологий) данный метод секвенирования непригоден.
Технические характеристики
| Функции |
Технические характеристики |
| Программное обеспечение для анализа | GeneMapper ID-X |
| Длина капилляра | 36 см, 50 см |
| Совместимые полимеры | POP-4, POP-6, POP-7 |
| Формат | 8-луночные планшеты, 96-луночные планшеты |
| Лазер | Долговечный однострочный твердотельный лазер на 505 нм |
| Количество капилляров | 24 |
| Длина прочтения | ≥420 б.п. с использованием капилляра 36 см и POP-4 и > 850 б.п. с использованием капилляра 50 см и полимера POP-7 |
| Время анализа | 30-140 мин (зависит от модуля запуска) |
| Диапазон: | от 80 до 368 выборок последовательности в день (зависит от модуля запуска) |
| Масса, кг | 82 |
| Размеры , мм | 610 х 610 х 720 |
Материалы
-
Капиллярные секвенаторы Applied Biosystems
Скачать
-
Инструкция к секвенатору ABI3500 (2009, eng)
Скачать
