Секвенатор MiSeq
MiSeq - одна из самых универсальных NGS-систем в сегменте невысокой производительности. Области применения включают таргетное секвенирование, метагеномику, секвенирование небольших геномов, профилирование экспрессии генов и многое другое. Максимальная производительность MiSeq - 15 Gb при 25 миллионах прочтений и длиной рида 2 × 300 п.о.
Регистрационное удостоверение на медицинское изделие РЗН 2014/1568
Описание
Секвенатор MiSeq - одна из самых универсальных NGS-систем в сегменте невысокой производительности. Области применения включают таргетное секвенирование, метагеномику, секвенирование небольших геномов, профилирование экспрессии генов и многое другое. Максимальная производительность MiSeq - 15 Gb при 25 миллионах прочтений и длиной рида 2 × 300 п.о.Широкая область применения.
Благодаря парным прочтениям и большому ассортименту наборов для секвенирования MiSeq позволяет решать множество как прикладных, так и научных задач. Диапазон производительности прибора составляет от 0,3 Gb до 15 Gb за запуск, что позволит Вам выгодно секвенировать самые различные образцы. MiSeq обладает самой большой длиной прочтения среди всех секвенаторов Illumina, что делает его идеальным выбором для таких задач, как сборка генома de novo и 16S-метагеномика.
Удобное, интуитивно-понятное программное обеспечение
Мониторинг и анализ запуска секвенатора выполняется с помощью встроенного программного обеспечения, не требующего подключения к интернету. Прибор сам сделает за Вас сборку de novo или выравнивание на референсный геном и variant calling.
Простой рабочий процесс
Система MiSeq позволяет получить данные, готовые к интерпретации, всего за 8 часов. Компактная платформа «все-в-одном» включает в себя генерацию кластеров, технологию парных прочтений и анализ данных. Работать с MiSeq удобно благодаря интуитивно понятному интерфейсу и сенсорному экрану. Встроенный модуль для анализа данных позволяет сразу перейти к интерпретации результатов пользователям без биоинформатического бекграунда и в условиях отсутствия вычислительных мощностей в лаборатории.
Рабочий процесс
- Пробоподготовка: подготовьте Ваши образцы для секвенирования по любому из протоколов Illumina
- Секвенирование: система MiSeq может генерировать 2 × 300 п.о. за один запуск
- Анализ данных: анализ запускается автоматически по окончании секвенирования и длится от нескольких минут до нескольких часов
Принцип работы
Большинство технологий секвенирования относятся к категории секвенирования путем синтеза (SBS) – это термин, используемый в литературе для описания многочисленных методов секвенирования с применением фермента ДНК-полимеразы, однако он не описывает различные механизмы, лежащие в основе SBS.
Секвенирование Illumina (США) основано на циклическом обратимом завершении (CRT) [Metzker., 2010], в нём используются молекулы-терминаторы (подобны тем, которые используются в секвенировании по Сэнгеру), в которых группа рибозы 3ʹ-OH блокируется, предотвращая удлинение цепи.
К ДНК-матрице (после расщепления на фрагменты с помощью ультразвука или ферментов) с помощью ПЦР в процессе пробоподготовки пришивают последовательность, комплементарную адаптерной области на проточной ячейке [Ju et al., 2006]. После этого на проточной ячейке осуществляют «мостиковую» ПЦР, в результате чего образуются кластеры идентичных ампликонов, пришитых к подложке. Далее в процессе секвенирования во время каждого цикла на поверхность проточной ячейки вносятся ферменты и смесь всех четырех индивидуально меченых и 3'-блокированных дезоксирибонуклеотидов (dNTP). После включения одного dNTP в каждую удлиняющуюся комплементарную цепь несвязанные dNTP удаляются, и считывается изображение поверхности, чтобы определить, какой dNTP был включен в каждый кластер (по флуоресцентному сигналу). После этого удаляют флуорофор и блокирующую группу для запуска нового цикла.
Технология Illumina CRT занимает наибольшую долю рынка инструментов секвенирования по сравнению с другими платформами. Illumina производит оборудование для секвенирования от небольших настольных устройств с низкой производительностью до сверхвысокопроизводительных инструментов, предназначенных для популяционных полногеномных исследований. Идентификация dNTP осуществляется с использованием флуоресцентной микроскопии (TIRF) с использованием двух или четырех лазеров. На большинстве платформ Illumina dNTP связаны с 4 различными флуорофорами и требуют четырех различных каналов визуализации. При этом на платформах NextSeq и MiniSeq используется система с двумя флуорофорами.
Технические характеристики
| Функции | Технические характеристики |
|---|---|
| Секвенирование больших геномов | Нет |
| Секвенирование малых геномов (микробы, вирусы) | Да |
| Секвенирование экзома | Нет |
| Таргетное секвенирование (панели, ампликоны) | Да |
| Секвенирование транскриптома человека | Нет |
| Таргетное профилирование экспрессии | Да |
| Анализ микроРНК и малых РНК | Да |
| Анализ взаимодействия ДНК-белков | Да |
| Шотган-метагеномика | Нет |
| Эпигенетика (MethylSeq) | Нет |
| 16S-метагеномика | Да |
| Продолжительность запуска | 4-55 часа |
| Производительность | 0.3-15 Gb |
| Число прочтений за запуск | 1-25 млн. |
| Максимальная длина прочтения | 2 × 300 п.о. |