Полногеномный NGS-секвенатор DNBSEQ-G50 (MGISEQ-200)
Настольный полногеномный секвенатор нового поколения DNBSEQ-G50. Производительность: 500 млн прочтений за запуск. Приложения DNBSEQ-G50:
- Секвенирование малых геномов
- Таргетное секвенирование
- Метагеномный анализ
- Пренатальная диагностика (в т.ч. ПГТ-а, НИПТ)
- Идентификация личности
Описание
Секвенаторы BGI – высокопроизводительные системы для геномного секвенирования. DNBSEQ-G50 (MGISEQ-200) – NGS-секвенатор, позволяющий за один запуск (˂48 часов) получить до 150 Гб высококачественных данных.
Технология, используемая в секвенаторах DNBSEQ-G50 и DNBSEQ-G400 имеет точность прочтений 99.9%, и низкую стоимость анализа. Повышение точности связано с особенностями пробоподготовки образцов перед секвенированием: процесс клональной амплификации происходит по типу катящегося кольца, т.е. всегда с исходной матрицы, что позволяет исключить накопление ошибок ДНК-полимеразы.
Приложения DNBSEQ-G50:
- Секвенирование малых геномов
- Таргетное секвенирование
- Метагеномный анализ
- Пренатальная диагностика (в т.ч. ПГТ-а, НИПТ)
- Идентификация личности
В зависимости от приложения можно выбрать разные проточные ячейки (FCS или FCL) и различные настройки: одноконцевые (SE) или парноконцевые (PE) прочтения, различная длина прочтений (SE50, SE100, PE50, PE100, PE150).
Преимущества секвенаторов BGI:
- Проверенная технология – на секвенаторах BGI отсеквенировано ˃30 000 человеческих геномов, ˃10 млн клинических образцов, в т.ч. ~2,8 млн неинвазивных пренатальных тестов (NIPT)
- Высокая точность прочтений – репликация по типу катящегося кольца в процессе клональной амплификации позволяет исключить аккумулирование ошибок ДНК-полимеразы и повысить точность прочтений до 99.9%
- Высокое качество данных – подтверждается публикациями в ведущих референсных журналах
- Скорость – ˂48 часов для секвенирования в режиме PE100
- Низкая стоимость данных – от 35$/Гб для DNBSEQ-G50, от 16$/Гб для DNBSEQ-G400
- Производительность – до 150 Гб данных за запуск на DNBSEQ-G50, до 1 440 Гб данных – на DNBSEQ-G400
- Гибкость – подбирайте реагенты и настройки под различные приложения (одно/парноконцевые прочтения, различная длина прочтений)
- Простота пробоподготовки – проточная ячейка легко заполняется вручную, автоматическая станция пробоподготовки не обязательна
- Сервис – высококвалифицированная русскоязычная техническая поддержка
Принцип работы
Технология компании BGI Tech Co., Ltd. (Шэньчжэнь, Китай) основана на комбинаторном синтезе зонд-якорь (cPAS) «наношариков» ДНК (DNB) [Goodwin et al., 2016]. В процессе пробоподготовки ДНК расщепляют до фрагментов длиной около 500 п.н. После этого пришивают специальные адаптеры, затем из полученных фрагментов готовят циклическую ДНК и проводят амплификацию методом множественного замещения цепи (MDA) по принципу катящегося кольца (генерируется до 20 млрд дискретных “наношариков” ДНК). Такой подход позволяет избежать накопления ошибок в процессе полимеризации. Далее полученные ДНК-наношарики (технология запатентована), наносятся на проточную ячейку секвенатора, где закрепляются за счет электростатических сил [Drmanac et al., 2010]. На проточной ячейке осуществляют секвенирование по принципам гибридизации и лигирования в пределах 100 п.о. На каждом цикле на проточную ячейку подаётся реакционная смесь (ферменты, флуоресцентно меченые пробы, состоящих из нуклеотидов универсальной специфичности (способных связаться с любым из нуклеотидов матричной ДНК), а также одного известного нуклеотида (A, T, G или С) на 5′-конце. После гибридизации пробы и специфичного лигирования нуклеотида по 5′-концу считывается флуоресценция пробы камерой с ПЗС-матрицей, после чего остатки реакционной смеси смываются [Drmanac et al., 2010].
Схема технологии cPAS отражена на рисунке.
Первые китайские полногеномные секвенаторы BGISEQ-50 и BGISEQ-500 уступали американским аналогам по максимальной длине чтения (100 или 100х2 п.о. вместо 150 или 150х2 п.о), но точность чтения ДНК у них была вполне удовлетворительной [China opens its first national gene bank, 2016]. После доработки этих моделей на рынке NGS (только в Китае) в 2018 году появились новые флуоресцентные секвенаторы - MGISEQ-200 и MGISEQ-2000 [Mak et al., 2017]. Заявленная производительность этих секвенаторов составляет 60 млрд.п.о. для MGISEQ-200 и 1080 млрд.п.о. для MGISEQ-2000. Кроме того, на сайте разработчика – компании MGI Tech – недавно появилась информация о секвенаторе MGISEQ-T7, производительность которого должна достичь 6 триллионов п.о., т.е. сравняться с производительностью американского NovaSeq 6000.
Технические характеристики
| Функции | Технические характеристики |
|---|---|
| Характер прочтений | Одноконцевые (SE), парноконцевые (PE) |
| Возможные варианты прочтений | SE50, SE100, PE100, PE150 |
| Длительность секвенирования в режиме PE100 | 26 часов |
| Длительность секвенирования в режиме PE150 | 40 часов |
| Точность прочтения каждого фрагмента для ˃85% прочтений | 99.90% |
| Выход секвенирования с одной ячейки/за один запуск | 150 Гб |
| Количество прочитываемых одноцепочечных фрагментов ДНК за один запуск прибора | 500 млн |
| Количество проточных ячеек за запуск | 1 |
| Количество дорожек на проточной ячейке | 1 |
| Сенсорный экран высокого разрешения для управления прибором | Наличие |
| Формат выдаваемых после первичной обработки данных | FASTQ, BAM |
| Габариты | 65.40 х 48.90 х 54.5 см |
| Вес | 85 кг |
Материалы
1
- Брошюра про секвенаторы BGI Скачать